30 января 1996 образовано государственное унитарное авиационное предприятие ГУАП «Чукотавиа», в состав которого вошли на все существующих авиапредприятия Чукотки. Его филиалами стали аэропорты: Певек, Кепервеем, Омолон, Мыс Шмидта, Залив Креста, Марково, Провидения, Лаврентия, Беринговский, а международный аэропорт Анадырь (Угольный) стал базовым аэропортом предприятия.

В ноябре 2010 года из состава ФГУП «ЧукотАВИА» в ведение вновь образованного федерального казенного предприятия «Аэропорты Чукотки» перешли все приписные аэропорты - филиалы. В хозяйственном ведении ФГУП «ЧукотАВИА» сохранился летно-технический комплекс и аэропорт Анадырь.

В 2013 году Распоряжением Правительства Российской Федерации предприятие передано в государственную собственность Чукотского автономного округа, а в следующем году из состава ГП ЧАО «ЧукотАВИА» в отдельное окружное предприятие был выделен аэропорт Анадырь (Угольный). В результате реорганизации в предприятии остался только летно-технический комплекс.

В 2021 году, провели реорганизацию и в настоящее время называется АО «ЧукотАВИА».