16 июля 1991 года Магаданский объединённый авиаотряд реорганизовали. Основанием стал приказ Министерства гражданской авиации СССР № 167.

Суть преобразования заключалась в том, что единое предприятие разделили — на его базе создали несколько отдельных государственных предприятий. Вот какие появились:

ГП «Аэропорт Магадан»;

ГП «Авиакомпания «Магаданаэрогруз»;

ГП «Авиакомпания «Северо-Восточные грузовые авиалинии»;

ГП «Авиакомпания «Полёт»»;

ГП «Авиакомпания «Колыма Авиа»;

ГП «Магаданский центр технического обслуживания «Авиатехника»;

«Авиамедицина» (выступала как структурная единица Магаданского авиаконцерна).