16 июля 1991 года в соответствии с приказом Министерства гражданской авиации СССР №167 была проведена реорганизация Магаданского объединённого авиаотряда.

В результате появились отдельные государственные предприятия: «Аэропорт Магадан», «Авиакомпания „Магаданаэрогруз“», «Авиакомпания „Северо-Восточные грузовые авиалинии“», «Авиакомпания „Полёт“», «Авиакомпания „Колыма Авиа“», «Магаданский центр технического обслуживания „Авиатехника“» и «Авиамедицина».