26 августа 1941 года вышло распоряжение № 097 по Главному управлению строительства Дальнего Севера НКВД СССР о строительстве нового аэродрома Магадан на 47-м километре основной трассы.

К тому времени существовавший аэропорт на 13-м километре уже не справлялся: появились новые типы самолётов (ИЛ-12, ЛИ-2), вырос грузооборот, совершенствовалось авиационное оборудование. Поэтому решили создать более крупную базу. В том же августе приступили к сооружению взлётно-посадочной полосы с покрытием из глинистой смеси.